يضم متحف الفن الإسلامي مجموعة رائعة من المخطوطات النادرة والثمينة، تشمل القرآن العباسي الأزرق الشهير، والمعروف كأحد أفضل وأندر المخطوطات في العالم الإسلامي. وقدّمت هذه المجموعة نظرة حصرية على بعض أجمل المخطوطات القرآنية التاريخية من العالم الإسلامي، وصفحات من أكبر قرآن في العالم، وهو قرآن بايسنقر التيموري. ولطالما اعتُبرت مخطوطات القرآن الضخمة دليلاً على التقوى والمكانة السياسية للرعاة الأثرياء الذين كلفوا الفنانين بتنفيذها. يوجد في المتحف صفحة مكتوبة بخط المحقق الأنيق، مأخوذة من أكبر مصاحف العصور الوسطى حجماً. وتتألف المخطوطة الكاملة من 1600 صفحة و2700 متر مربع من الورق تضم النص الكامل للقرآن. كما يضم المتحف مخطوطة من القرآن المصغر المنسوخ ببراعة بقصبة مسنونة وخط دقيق يُعرف باسم الخط الغباري (من الغبار)، استخدم المصحف الصغير لدرء الشر أكثر من القراءة، ويمكن أن توضع المخطوطة الصغيرة داخل صندوق صغير مثمن الشكل، مع حلقات وخطافات للتعليق أو التثبيت على أعلى الذراع باستخدام الخيوط، أو ربما خياطتها على الملابس أو على بطانة الرداء. كما يضم المتحف الصفحتان الافتتاحيتان من القرآن، على اليمين توجد سورة الفاتحة وعلى اليسار سورة البقرة، هذا القرآن مكتوب بخطين مختلفين هما الخط المحقق والخط الصيني، الذي تفردت به الصين خلال عهد أسرة تشينغ (1644-1911م). الى جانب ذلك يحتوي متحف الفن الإسلامي على صفحة مأخوذة من مخطوطة قرآنية أندلسية تُعرف باسم القرآن الوردي، وقد سُميت كذلك بسبب لون الورق الذي صُنعت منه. وتُعتبر هذه المخطوطة مثالاً رائعاً على تطور الخط المغربي الذي يتميز بصفات خاصة مثل الحروف الكبيرة المنحنية المستديرة. تم استخدام هذا الخط أول مرة في الأندلس ومنطقة المغرب، ومنها اشتُق اسمه.

أعلن الدكتور عبدالله عوبل وزير الثقافة اليمني أن أفراد من الجيش بالعاصمة صنعاء تمكنوا من ضبط سبع مخطوطات قرآنية كانت بحوزة عدد من المهربين. وقال، في بيان له اليوم الأربعاء، إن قيادات في اللواء الثاني حماية رئاسية قاموا بتسليمه سبع مخطوطات قرآنية ضبطها أفراد من اللواء عند نقطة عسكرية في منطقة " باب البلقة " بالعاصمة صنعاء بحوزة عدد من المهربين، مشيرا إلى أن المهربين كانوا على متن سيارة وقبل وصولهم إلى النقطة العسكرية ترجلوا من السيارة مما أثار شكوك أفراد النقطة الذين تمكنوا من إلقاء القبض على أحدهم وكان يحمل مخطوطات قرآنية مخفية بقطعة قماش. ودعا عوبل الجهات الأمنية والعسكرية إلى بذل المزيد من الجهود لمنع محاولات تهريب تراث وتاريخ اليمن وضبط مهربي تراث البلد من آثار ومخطوطات باعتبار الآثار والمخطوطات ذاكرة حضارة شعب.